Termino de Cobeña se encuentra en la cuenca hidrológica del Río Jarama, cuyo curso se localiza próximo al límite oeste del municipio. La cuenca que sigue en importancia es la del Río Torote, que linda prácticamente con el límite este del municipio.
La altitud del municipio oscila entre los 600 metros sobre el nivel de su extremo occidental, en la desembocadura del arroyo de las Quemadas, y los 780 metros del Cerro de las Quemadas, en la zona nororiental del término municipal.
Todos los arroyos que drenan el término afluyen directamente al río Jarama. Son arroyos, por lo general, con poca entidad en lo relativo a nivel de caudal y se puede afirmar que la práctica totalidad del cauce del Arroyo de las Quemadas fluye dentro del término municipal de Cobeña.
La red de arroyos existentes se distingue más densa en la zona central y este del término, en la que las pendientes y el sustrato favorecen la generación de una encajada red, y apenas permite la infiltración, provocando que las aguas superficiales creen numerosos cauces de aguas temporales dependiendo de las estaciones. Por el contrario, hacia el oeste, la red fluvial se hace cada vez más difusa.
Los principales cursos de agua son:
- Arroyo de las Casas de Torrecillas, recorre un pequeño tramo del término municipal de Cobeña, discurriendo por el paraje denominado Dehesa de Cobeña situado al Norte del territorio, para posteriormente seguir su curso por el municipio de Algete.
- Arroyo del Pontón, constituye un afluente del Arroyo de las Torrecillas de poca entidad que drena una pequeña superficie del término de Cobeña, en la Dehesa de Cobeña, donde confluye con el Arroyo de las Torrecillas.
- Arroyo del Prado de San Juan, es de pequeña magnitud y de cauce difuso debido a que discurre sobre campos de cultivo y prados de topografía llana, que se sitúa sobre la zona Noroeste del municipio de Cobeña.
- Arroyo de Las Quemadas o del Valle, discurre a lo largo de todo el territorio de Cobeña, desde su límite Noreste hasta el Oeste, pasando por el casco urbano.
