El término municipal de Cobeña se integra en una comarca de suave topografía propio del paisaje de campiña de la Comunidad de Madrid, con pendientes medias que rondan el 3% de inclinación, que a su vez representa la transición entre los relieves de la sierra de Guadarrama, al Norte, y las grandes vegas fluviales de los ríos Tajo, Jarama y Henares, al sur.
Aunque en líneas generales el relieve de la zona es alomado, existen zonas más abarrancadas del municipio, junto al arroyo de las Quemadas o al este y sur del territorio, que alcanzan el 20-25% de inclinación.
La variación altitudinal del municipio disminuye gradualmente de este a oeste del territorio, situándose las cotas más bajas entorno a los 600 metros sobre el nivel del mar en el extremo más occidental, y las más elevadas, con 780 metros, correspondientes al cerro de las Quemadas.
Situado junto a la vega del Jarama, y pese a la suavidad de su topografía, aparece surcado por arroyos y barrancos que lo drenan, entre los que destaca el arroyo de las Quemadas que cruza el territorio municipal de Este a Oeste, y que drena la práctica totalidad de la localidad. Hidrogeológicamente, el municipio se integra en el Acuífero del Terciario detrítico de Madrid, facilitando la recarga del mismo por infiltración de agua de lluvia gracias a su litología detrítica, y que se extiende entre la ciudad de Madrid y la Sierra.
En cuanto a la descripción del paisaje se pueden delimitar dos grandes unidades: las terrazas e interfluvios del Jarama y las campiñas onduladas del arroyo de Las Quemadas.
La vegetación natural en la zona no es muy abundante como consecuencia de la explotación agraria desarrollada en el municipio. Las zonas más representativas de vegetación se encuentran a lo largo del arroyo de las Quemadas y en las zonas de vaguada y barrancos situadas en el centro y sur del municipio, donde predomina la vegetación de ribera (chopos, sauces, olmos, matorrales espinosos, juncos, etc). De las formaciones vegetales presentes asociadas a los usos de suelo actuales, cabe destacar los cultivos agrícolas principalmente de secano de cereal y en menor extensión leñosos de secano y regadíos; así como vegetación propia de las etapas de sustitución de las series de vegetación potencial del encinar: retamares y coscojares en las laderas de mayor pendiente de las márgenes del arroyo de las Quemadas, vegetación de ribera y de vaguada, pastizales y eriales, y repoblaciones. La composición de la vegetación actual presente en el municipal de Cobeña genera diferentes tipos hábitats que condicionan la estructura y la diversidad de las comunidades faunísticas existentes en el área de estudio.
Las zonas de cultivos cerealistas permiten la presencia de numerosas especies que utilizan estas zonas como áreas de reproducción, dispersión e invernada, especialmente de Avutarda, Agulicho Cenizo y Aguilucho pálido, grupo de aves representativo de la zona. La presencia de de estas aves, en buena parte de las campiñas cerealistas del interfluvio de los ríos Jarama y Henares, propició la creación de la ZEPA "Estepas Cerealistas de los ríos Henares y Jarama". La delimitación de dicho espacio representó que más de un 49% al este del término municipal de Cobeña concentrándose en la zona noreste del municipio. Es un emplazamiento de alto valor medioambiental protegido por la figura de Zona de Especial Protección de las Aves (ZEPA).
Este espacio está incluido entre los lugares de importancia comunitaria (LICs) con el nº ES 3110001 espacio " Cuencas de los ríos Jarama y Henares ", aportado, entre otros, por la comunidad de Madrid para formar parte de la futura " red natura 2000" como Zonas de Especial Conservación ZECs.
Destacan dos emplazamientos de especial interés para todos los vecinos y aquellas personas que se acerquen a visitar esta Villa: